აგაროზის გელები გამოიყენება დნმ-თან ერთად, ბიომოლეკულების უფრო დიდი ზომის გამო (დნმ-ის ფრაგმენტები ხშირად ათასობით kDa-ს შეადგენს). პროტეინის გელებისთვის პოლიაკრილამიდი იძლევა კარგ გარჩევადობას, რადგან გაცილებით მცირე ზომა (50 kDa ტიპიურია) უფრო შესაფერისია გელის უფრო მჭიდრო ინტერმოლეკულური უფსკრულისთვის.
რა განსხვავებაა აგაროზის გელის ელექტროფორეზსა და პოლიაკრილამიდის გელის ელექტროფორეზს შორის?
აგაროზასა და პოლიაკრილამიდს შორის მთავარი განსხვავება ისაა, რომ აგაროზა გამოიყენება აგაროზის გელის ელექტროფორეზის დროს(AGE) ძირითადად დნმ-ის გამოყოფისთვის, ხოლო პოლიაკრილამიდი გამოიყენება პოლიაკრილამიდის გელში. ელექტროფორეზი (PAGE) ძირითადად ცილების გამოყოფისთვის.
რატომ სჯობს პოლიაკრილამიდის გელები აგაროზის გელს?
პოლიაკრილამიდის გელებს აქვთ შემდეგი სამი ძირითადი უპირატესობა აგაროზას გელებთან შედარებით: (1) მათი გამხსნელი ძალა იმდენად დიდია, რომ მათ შეუძლიათ გამოყოს დნმ-ის მოლეკულები, რომელთა სიგრძე განსხვავდება სულ მცირე 0,1%-ით (ანუ 1 bp 1000 bp-ში).). (2) მათ შეუძლიათ გაცილებით დიდი რაოდენობით დნმ-ის განთავსება, ვიდრე აგაროზის გელები.
რატომ გამოიყენება პოლიაკრილამიდი აგაროზის ნაცვლად ცილების დახასიათებისას?
პოლიაკრილამიდი და აგაროზა არის ორი დამხმარე მატრიცა, რომელიც ჩვეულებრივ გამოიყენება ელექტროფორეზში. … აგაროზას აქვს დიდი ფორების ზომა და არის შესაფერისი ნუკლეინის მჟავებისა და დიდი ცილის კომპლექსების გამოსაყოფად. პოლიაკრილამიდს აქვს უფრო მცირე ზომის ფორები და იდეალურიაცილების და უფრო მცირე ნუკლეინის მჟავების გამოყოფა.
რატომ გამოიყენება პოლიაკრილამიდის გელი?
პოლიაკრილამიდის გელის ელექტროფორეზი (PAGE) რეგულარულად გამოიყენება ცილების ანალიზისთვის და ასევე შეიძლება გამოყენებულ იქნას ნუკლეინის მჟავას ფრაგმენტების გამოყოფისთვის 100 bp-ზე ნაკლები. ნუკლეინის მჟავები ჩვეულებრივ ანალიზდება უწყვეტი ბუფერული სისტემის გამოყენებით, სადაც არის მუდმივი ბუფერული შემადგენლობა, pH და ფორების ზომა მთელი გელის მასშტაბით.
