პეპტიდურ ობლიგაციებს აქვთ ბრტყელი, ტრანს, კონფიგურაცია და განიცდიან ძალიან მცირე ბრუნვას ან ტრიალებენ ამიდური ბმის გარშემო, რომელიც აკავშირებს ერთი ამინომჟავის α-ამინო აზოტს კარბონილის ნახშირბადთან. შემდეგი (სურათი 4-1).
რატომ არის აკრძალული პეპტიდური კავშირის როტაცია?
რატომ არის აკრძალული როტაცია პეპტიდური ბმის შესახებ და რა შედეგები მოჰყვება ბრუნვის ნაკლებობას? პეპტიდურ კავშირს აქვს ნაწილობრივი ორმაგი ბმა, რაც ხელს უშლის ბრუნვას. ბრუნვის ეს ნაკლებობა ზღუდავს პეპტიდის ხერხემლის კონფორმაციებს და ზღუდავს შესაძლო სტრუქტურებს.
შეიძლება თუ არა პეპტიდური ობლიგაციების მოხვევა?
რადგან პოლიპეპტიდის ხერხემალი, რომელიც ერთმანეთთან არის შეკრული პეპტიდური ბმებით, არის მოქნილი („ყველა ამ ბმის გარშემო ბრუნვის“გამო), ჯაჭვს შეუძლია დაიღუნოს, დატრიალდეს, და მოქნილი სამგანზომილებიანი ფორმების ძალიან დიდ მრავალფეროვნებაში.
შექცევადია პეპტიდური ბმები?
მიუხედავად იმისა, რომ პეპტიდური ბმის წარმოქმნა შეიძლება შეიცვალოს წყლის დამატებით (ჰიდროლიზი), ამიდური ბმები ძალიან სტაბილურია წყალში ნეიტრალურ pH-ზე და პეპტიდური ბმების ჰიდროლიზი უჯრედებში. ასევე ფერმენტულად კონტროლდება.
აქვს პეპტიდურ ბმებს მიმართულება?
მიუხედავად იმისა, რომ პეპტიდური ჯგუფის გეომეტრია ფიქსირებულია, ალფა ნახშირბადის ორივე მხარეს ბმები შეიძლება ბრუნავდეს. ეს იძლევა მოქნილობის საშუალებას პეპტიდის ხერხემალში. … პროტეინში ამინომჟავების თანმიმდევრობას აქვს მიმართულება ანორიენტაცია, რომელიც განისაზღვრება ჯაჭვის ბოლოებზე არსებული ფუნქციური ჯგუფებით.
