BLAST შეიძლება გამოყენებულ იქნას რამდენიმე მიზნისთვის. ეს მოიცავს სახეობების იდენტიფიკაციას, დომენების განლაგებას, ფილოგენიის დადგენას, დნმ-ის რუქას და შედარება. BLAST-ის გამოყენებით, თქვენ შეგიძლიათ სწორად ამოიცნოთ სახეობა ან იპოვოთ ჰომოლოგიური სახეობები.
რისთვის გამოიყენება BLAST?
BLAST არის კომპიუტერული ალგორითმი, რომელიც ხელმისაწვდომია ონლაინ გამოსაყენებლად ბიოტექნოლოგიის ინფორმაციის ეროვნული ცენტრის (NCBI) ვებსაიტზე, ისევე როგორც ბევრ სხვა საიტზე. BLAST-ს შეუძლია სწრაფად გაათანაბროს და შეადაროს მოთხოვნის დნმ-ის თანმიმდევრობათანმიმდევრობების მონაცემთა ბაზას, რაც მას კრიტიკულ ინსტრუმენტად აქცევს მიმდინარე გენომიურ კვლევაში.
რა არის BLAST ტექნიკა?
BLAST ტექნიკა არის საჩივრების გადაჭრის მეთოდი, რომელიც შემუშავებულია ალბერტ ბარნეტოს მიერ . მნემონიკი ნიშნავს გჯეროდეს, მოუსმინე, ბოდიში მოიხადე, დააკმაყოფილე და მადლობა გადაუხადე (ცხრილი 1). 6. ეს სტატია აღწერს მის სარგებლობას პაციენტის მოვლაში და როგორც კლინიკური სწავლების ინსტრუმენტი.
როგორ მუშაობს BLAST დნმ-ზე?
როგორ მუშაობს BLAST? BLAST იდენტიფიცირებს ჰომოლოგიურ მიმდევრობებს ევრისტიკული მეთოდის გამოყენებით, რომელიც თავდაპირველად პოულობს მოკლე შესატყვისებს ორ მიმდევრობას შორის; ამრიგად, მეთოდი არ ითვალისწინებს მთელ მიმდევრობის სივრცეს. საწყისი მატჩის შემდეგ, BLAST ცდილობს დაიწყოს ლოკალური გასწორებები ამ საწყისი მატჩებიდან.
რატომ არის BLAST უფრო სწრაფი ვიდრე Fasta?
ალგორითმის გაშვების სირთულის თვალსაზრისით, BLAST უფრო სწრაფია ვიდრე FASTA მხოლოდ უფრო მნიშვნელოვანი შაბლონების ძიებითთანმიმდევრობა. BLAST-ისა და FASTA-ს მგრძნობელობა (ან სიზუსტე) განსხვავებულია ნუკლეინის მჟავისა და ცილების თანმიმდევრობებისთვის (https://www.bioinfo.se/kurser/swell/blasta-fasta.shtml).
