ჰომოლოგიის მოდელები ასევე შეიძლება გამოყენებულ იქნას დახვეწილი განსხვავებების იდენტიფიცირებისთვის დაკავშირებულ პროტეინებს შორის, რომლებიც ყველა არ არის ამოხსნილი სტრუქტურულად . მაგალითად, მეთოდი გამოიყენებოდა Na+/K+ ATP-აზე კათიონების დამაკავშირებელი ადგილების იდენტიფიცირებისთვის და სხვადასხვა ატფ-აზების შეკავშირების აფინურობის შესახებ ჰიპოთეზების შეთავაზებისთვის..
რისთვის გამოიყენება ჰომოლოგიური მოდელები?
ჰომოლოგიის მოდელირება არის ერთ-ერთი გამოთვლითი სტრუქტურის პროგნოზირების მეთოდი, რომელიც გამოიყენება ცილის 3D სტრუქტურის დასადგენად მისი ამინომჟავების თანმიმდევრობიდან. იგი ითვლება ყველაზე ზუსტი გამოთვლითი სტრუქტურის პროგნოზირების მეთოდებს შორის. იგი შედგება რამდენიმე ნაბიჯისგან, რომლებიც მარტივი და გამოსაყენებელია.
რა არის ჰომოლოგიური მოდელირება და რატომ არის საჭირო?
ჰომოლოგიის მოდელირება იღებს სამიზნე ცილის სამგანზომილებიან სტრუქტურას შაბლონისა და სამიზნე თანმიმდევრობების მსგავსების საფუძველზე და ეს ტექნიკა ეფექტურია მემბრანული ცილების შესწავლისას, რომელიც რთულია კრისტალიზება, როგორც GPCR, რადგან ის უზრუნველყოფს …-ის გაგების მაღალ ხარისხს
როგორ აკეთებთ ჰომოლოგიურ მოდელს?
ჰომოლოგიის მოდელირებაში ჩართულია რამდენიმე ნაბიჯი
- შაბლონის შერჩევა თქვენი სამიზნე თანმიმდევრობის გამოყენებით. ამ მიზნით შეგიძლიათ გააკეთოთ BLASTp ძიება ყველა ხელმისაწვდომი ცილის სტრუქტურის (PDBs) წინააღმდეგ. …
- შაბლონისა და სამიზნე თანმიმდევრობის გასწორება. …
- თქვენი მოდელის ხარისხი. …
- დახვეწათქვენი მოდელის შესაბამისად.
რა არის კარგი ჰომოლოგიური მოდელირება?
თუ ჩვენ განვსაზღვრავთ "უაღრესად წარმატებულ ჰომოლოგიურ მოდელს", როგორც მას, რომელსაც აქვს <=2 Å rmsd ემპირიული სტრუქტურიდან, მაშინ შაბლონს უნდა ჰქონდეს >=60% მიმდევრობის იდენტურობა სამიზნესთან წარმატებისთვის. კურსი >70%. მაღალი თანმიმდევრობის იდენტობის შემთხვევაშიც კი (60%-95%), ათიდან ერთ ჰომოლოგიურ მოდელს აქვს rmsd >5 Å წინააღმდეგ
