2024 ავტორი: Elizabeth Oswald | [email protected]. ბოლოს შეცვლილი: 2024-01-13 00:09
ჰომოლოგიის მოდელები ასევე შეიძლება გამოყენებულ იქნას დახვეწილი განსხვავებების იდენტიფიცირებისთვის დაკავშირებულ პროტეინებს შორის, რომლებიც ყველა არ არის ამოხსნილი სტრუქტურულად . მაგალითად, მეთოდი გამოიყენებოდა Na+/K+ ATP-აზე კათიონების დამაკავშირებელი ადგილების იდენტიფიცირებისთვის და სხვადასხვა ატფ-აზების შეკავშირების აფინურობის შესახებ ჰიპოთეზების შეთავაზებისთვის..
რისთვის გამოიყენება ჰომოლოგიური მოდელები?
ჰომოლოგიის მოდელირება არის ერთ-ერთი გამოთვლითი სტრუქტურის პროგნოზირების მეთოდი, რომელიც გამოიყენება ცილის 3D სტრუქტურის დასადგენად მისი ამინომჟავების თანმიმდევრობიდან. იგი ითვლება ყველაზე ზუსტი გამოთვლითი სტრუქტურის პროგნოზირების მეთოდებს შორის. იგი შედგება რამდენიმე ნაბიჯისგან, რომლებიც მარტივი და გამოსაყენებელია.
რა არის ჰომოლოგიური მოდელირება და რატომ არის საჭირო?
ჰომოლოგიის მოდელირება იღებს სამიზნე ცილის სამგანზომილებიან სტრუქტურას შაბლონისა და სამიზნე თანმიმდევრობების მსგავსების საფუძველზე და ეს ტექნიკა ეფექტურია მემბრანული ცილების შესწავლისას, რომელიც რთულია კრისტალიზება, როგორც GPCR, რადგან ის უზრუნველყოფს …-ის გაგების მაღალ ხარისხს
როგორ აკეთებთ ჰომოლოგიურ მოდელს?
ჰომოლოგიის მოდელირებაში ჩართულია რამდენიმე ნაბიჯი
- შაბლონის შერჩევა თქვენი სამიზნე თანმიმდევრობის გამოყენებით. ამ მიზნით შეგიძლიათ გააკეთოთ BLASTp ძიება ყველა ხელმისაწვდომი ცილის სტრუქტურის (PDBs) წინააღმდეგ. …
- შაბლონისა და სამიზნე თანმიმდევრობის გასწორება. …
- თქვენი მოდელის ხარისხი. …
- დახვეწათქვენი მოდელის შესაბამისად.
რა არის კარგი ჰომოლოგიური მოდელირება?
თუ ჩვენ განვსაზღვრავთ "უაღრესად წარმატებულ ჰომოლოგიურ მოდელს", როგორც მას, რომელსაც აქვს <=2 Å rmsd ემპირიული სტრუქტურიდან, მაშინ შაბლონს უნდა ჰქონდეს >=60% მიმდევრობის იდენტურობა სამიზნესთან წარმატებისთვის. კურსი >70%. მაღალი თანმიმდევრობის იდენტობის შემთხვევაშიც კი (60%-95%), ათიდან ერთ ჰომოლოგიურ მოდელს აქვს rmsd >5 Å წინააღმდეგ
გირჩევთ:
როდის გამოვიყენოთ nunc pro tunc?
Nunc pro tunc არის ფრაზა, რომელიც გამოიყენება ბრძანებაში ან გადაწყვეტილებაში, როდესაც სასამართლოს სურს, რომ ბრძანება ან გადაწყვეტილება ძალაში შევიდეს წარსულშიდა არა თარიღიდან. გადაწყვეტილება ან ბრძანება შეტანილია სასამართლოს ოქმში. რა არის nunc pro tunc შეთანხმება?
სად ხდება სერიული ჰომოლოგია?
ხერხემლიანებს აქვთ მოდიფიცირებული ხერხემლიანები და ნეკნები მრავალი გზით; ძირითადი ხერხემლიანი განმეორებით განმეორდა და შეიცვალა ხერხემლის სხვადასხვა ტიპებად: საკრალური, წელის, გულმკერდის და საშვილოსნოს ყელის. თუმცა, შესაძლოა, სერიული ჰომოლოგიის ერთ-ერთი საუკეთესო მაგალითი მოიძებნოს ჩვეულებრივი კიბო თევზის სხეულის დიზაინში.
მოლეკულური ჰომოლოგია მხარს უჭერს ევოლუციას?
მოლეკულური ბიოლოგია სტრუქტურული ჰომოლოგიების მსგავსად, მსგავსება ბიოლოგიურ მოლეკულებს შორის შეიძლება ასახავდეს საერთო ევოლუციურ წინაპარს. ყველაზე საბაზისო დონეზე, ყველა ცოცხალი ორგანიზმი იზიარებს: … იგივე მოლეკულურ სამშენებლო ბლოკებს, როგორიცაა ამინომჟავები.
როდის გამოვიყენოთ ე.ი. და როდის გამოვიყენოთ მაგ.?
ე.ი. არის ფრაზის id est აბრევიატურა, რაც ნიშნავს "ეს არის". ე.ი. გამოიყენება ადრე ნათქვამის გასამეორებლად, მისი მნიშვნელობის გასარკვევად. Მაგალითად. არის მოკლე exempli gratia, რაც ნიშნავს "მაგალითად". Მაგალითად. არის გამოიყენება ერთეულის ან იმ ელემენტების სიის წინ, რომლებიც მაგალითებია წინა განცხადებისთვის.
როდის გამოვიყენოთ პოლიაკრილამიდი და როდის აგაროზა?
აგაროზის გელები გამოიყენება დნმ-თან ერთად, ბიომოლეკულების უფრო დიდი ზომის გამო (დნმ-ის ფრაგმენტები ხშირად ათასობით kDa-ს შეადგენს). პროტეინის გელებისთვის პოლიაკრილამიდი იძლევა კარგ გარჩევადობას, რადგან გაცილებით მცირე ზომა (50 kDa ტიპიურია) უფრო შესაფერისია გელის უფრო მჭიდრო ინტერმოლეკულური უფსკრულისთვის.
